Cerita bermula selama liburan musim semi sebelum Mirai Asahina naik ke kelas dua SMP, Saat itu Mirai menyaksikan sebuah benda misterius jatuh di taman. Dia membawa boneka beruangnya Mofurun untuk melihat benda apakah itu. Ketika dia sampai disana dia melihat seorang gadis bernama Riko melayang dengan sapu terbangnya. Mirai mempunyai banyak pertanyaan dengannya lalu Riko menjelaskan bahwa dia sedang mencari sesuatu yaitu "Linkle Stone Emerald". Keduanya menggunakan liontin yang mirip. Disaat pertemuan mereka berdua, mereka diikuti juga oleh Batty, seorang pengguna sihir gelap Dokuroxy, muncul sebelum mereka dan meminta "Linkle Stone Emerald".
Batty lalu menciptakan monster yang disebut "Yokobaru" dan memojokkan mereka. Kemudian Mirai, Riko, dan Mofurun menyatukan tangan mereka dan mengucapkan sebuah kata sihir "Cure-Up Rapapa!" lalu liontin mereka pun bersinar dan mereka menjadi penyihir legenda yang disebut dengan "Pretty Cure". Setelah itu Riko pun mengacak Mirai untuk pergi ke "Dunia Sihir" dan belajar tentang sihir di sebuah sekolah penyihir "Magic School". Mereka harus belajar dan melatih kekuatan sihir mereka untuk bisa dapat menghentikan penyihir jahat Dokuroxy.
Sinopsis by wiki